哈尔滨医科大学图书馆始于1926年哈尔滨医学专门学校成立时期，历经原哈尔滨医科大学图书馆、与兴山中国医科大学图书馆合并、以及1949年恢复组成至今的哈尔滨医科大学图书馆。经过几代图书馆人的共同努力，目前已发展成特色鲜明、设施完备的现代化生物医学图书馆。1996年哈医大图书馆与黑龙江省医学情报研究所合并组成黑龙江省医学文献信息中心，在全国医学图书情报系统率先实现了图书情报一体化，是卫生部医药卫生科技项目查新咨询单位和CNKI知识网络服务站专业一级站。

图书馆结合学校校园仿古建筑风格设计，建筑面积26058平方米，地下一层，地上七层。馆内设有大型阅览室、密集书库、自习大厅、共享大厅等。阅览座位2800个；哈医大图书馆气势恢宏、风格古朴、环境典雅、线条流畅，体现出我国古建筑独特的风格与魅力；吸收和融合国内外图书馆精髓，跻身全国50所最美大学图书馆。图书馆每天早7点至晚22点连续开馆，周六、周日和节假日不休息，每周累计开馆时间达105小时。

图书馆设有“七部两室两馆一中心”：流通部、编目部、采访部、阅读推广部、技术服务部、查新检索部、情报服务部、医学文献检索教研室、综合办公室、校史馆、档案馆和知识产权信息服务中心。图书馆现有职工41人，具有高级职称人员占56.1%，硕士及以上学位人员占58.5%，已形成了年龄结构、学历结构和职称结构较为合理的专业人员队伍。

馆藏资源以生物医学文献为主体，辅之以人文社会科学书刊和各类语言工具书，数据库资源主要有SCI、SSCI、 InCites、Journal Citation Reports（JCR）、Essential Science Indicators（ESI）、CINAHL护理学数据库、JoVE实验视频期刊数据库、本地PubMed检索系统、worldlib国外文献整合平台、Springer Protocol、EndNote文献管理与写作软件，以及CNKI（中国知网）网络版+镜像版、万方知识服务平台、读秀学术搜索、维普中文期刊服务平台、经纶知识资源系统、维普考试服务平台、维普考研服务平台、中国生物医学文献数据库、智慧芽专利数据库、爱学术（iresearch）外文电子书平台、金图国际外文数字图书馆、博图外文电子图书等。

图书馆采取“一站式”全开架管理模式，藏阅结合，图书管理为金盘系统附设RFID自助借还系统，为传统型管理与数字化管理相结合的复合型图书馆。